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Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse de proximités et de similarités de séquences / par Tristan Colombo ; Sous la direction de Alain Guénoche et de Yves Quentin

Auteur principal : Colombo, Tristan, 1977-, AuteurAuteur secondaire : Guénoche, Alain, Directeur de thèse • Quentin, Yves, 1960-, Directeur de thèseAuteur secondaire collectivité : Université d'Aix-Marseille II, 1969-2011, Etablissement de soutenanceType de document : ThèseLangue : français.Pays : France.Éditeur : [S.l.] : [s.n.], 2004Description : 1 vol. (129 p.) ; 30 cmSujet MSC : 68Wxx, Computer science, Algorithms
68Uxx, Computer science, Computing methodologies and applications
68R10, Computer science -- Discrete mathematics in relation to computer science, Graph theory (including graph drawing)
92D20, Biology and other natural sciences -- Genetics and population dynamics, Protein sequences, DNA sequences
97A70, Mathematics education - General, mathematics and education, Theses and postdoctoral theses
Note de thèse: Thèse de doctorat, informatique, 2004, Aix-Marseille 2En-ligne : TEL
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Thèses COL (Browse shelf) Available 03203-01

Thèse de doctorat informatique 2004 Aix-Marseille 2

Notre étude porte sur les transporteurs ABC dans les génomes bactériens complets. L'analyse bioinformatique du répertoire de ces systèmes comprend l'identification des partenaires, l'assemblage, la reconstruction des systèmes incomplets, la classification en sous-familles, et l'identification du substrat transporté. Cette thèse propose des outils permettant l'étude de ces problèmes par l'utilisation de méthodes informatiques. Les hypothèses biologiques employées sont que : (i) des gènes voisins sur le chromosome peuvent être impliqués dans un même processus métabolique s'ils ont été conservés au cours de l'évolution, et (ii) des gènes présentant des similarités de séquence peuvent permettre la synthèse de protéines de même fonction. Trois études ont été menées sur le répertoire des transporteurs ABC : * L'exploration du voisinage chromosomique. D'après l'hypothèse selon laquelle plus les gènes conservés dans le voisinage d'un transporteur sont proches, plus leur lien fonctionnel avec le transporteur est fort, on essaye d'identifier le substrat transporté ou des associations de gènes. Ce problème est traité par une méthode de résolution issue des problèmes de satisfaction de contraintes. * La classification. Les transporteurs ABC sont classés par grandes catégories en fonction des molécules qu'ils transportent (sucres, ...). Pour chaque domaine, en représentant les relations d'homologie par un graphe, la recherche des zones de forte densité permet de déterminer des sous-classes de substrat. * La reconstitution des systèmes incomplets. Les transporteurs ABC sont assemblés en utilisant la proximité chromosomique des gènes codant pour les domaines et la compatibilité des sous-familles de domaines. Lorsque la proximité n'est pas respectée, on utilise une stratégie développée à partir d'une méthode d'analyse de graphes pour assembler les domaines et prédire des systèmes actifs. Ces méthodes, en complément de l'identification des partenaires et de l'assemblage, permettent une étude fonctionnelle des transporteurs ABC. Elles pourraient être appliquées à d'autres systèmes biologiques

Disponible au format pdf : 1 fichier (2,0 Mo)

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